Aus der urgeschichtlichen Zeit sind wenig Spuren menschlichen Wirkens überliefert. Jungsteinzeitliche Funde deuten auf den Beginn einer allmählichen Urbarmachung im Ennswald hin. Der Bachname Treffling lässt auf eine slawische Besiedlung vor der bayrischen Landnahme schließen. Die frühe Ortsentwicklung ist der Stiftsgründung (Benediktinerstift) zu verdanken. Große Bedeutung erlangte die Bürgerschaft Seitenstettens durch die Markterhebung im Jahre 1480. Sie erhielt dadurch den Status einer Körperschaft öffentlichen Rechts mit weitgehender Selbstverwaltung. In vielen Bereichen leisteten die Mönche Pionierarbeit, die dann Über die ganze Region hinaus wirkte. So sorgte zum Beispiel die Klostergärtnerei im Jahre 1621 für das Bekanntwerden des Kartoffelbaues in Niederösterreich. Der hohe Bekanntheitsgrad des Marktes ist dem guten Ruf des Stiftsgymnasiums zuzuschreiben. Die religiösen und geistigen Tätigkeiten machten Seitenstetten zu einem beachtenswerten Kulturzentrum im Mostviertel. Das stete Zusammenwirken der Gemeinde mit dem Stift förderte die weitere Aufwärtsentwicklung und belebte in vielerlei Hinsicht das Erscheinungsbild des Marktes.